万方数据资源系统是由万方数据股份有限公司开发制作的，包含科技信息子系统、数字化期刊子系统、商务信息子系统、学位论文全文、中国学术会议论文数据库。
1. 中国学位论文全文数据库
《中国学位论文文摘数据库》资源由国家法定学位论文收藏机构中国科技信息研究所提供，并委托万方数据加工建库，收录了自1977年以来我国自然科学领域博士、博士后及硕士研究生论文，其中文摘已达38万余篇，首次推出最近3年的论文全文10万多篇，并年增全文3万篇，建成中国学位论文全文数据库，《中国学位论文全文数据库》精选相关单位近几年来的博硕论文，涵盖自然科学、数理化、天文、地球、生物、医药、卫生、工业技术、航空、环境、社会科学、人文地理等学科领域。
2. 数字化期刊子系统
数字化期刊目前已收录了3000多种科技期刊的全文。内容主要有：中华医学会系列杂志、大学学报、科技类文库、英文版期刊、科学普及期刊等。
3. 商务信息子系统
商务信息子系统主要包括工商咨询、经贸信息、成果专利、咨询服务等服务内容。主要产品《中国企业、公司及产品库》至今已收录96个行业近20万家企业的详尽信息，成为中国最具权威性的企业综合信息库。
4. 科技信息子系统
科技信息子系统是中国唯一完整的科技信息群，汇集科技文献、科研机构、科技成果、科技名人、中外标准、政策法规等数百种数据库，信息总量达1100多万条，每年数据更新60万条以上。
5. 中华医学会数字化期刊群
2008年初中华医学会与万方数据公司就数字出版方面的长久发展合作达成战略共识，签署中华医学会系列期刊数据库独家合作协议。中华医学会系列期刊具有很好的学术品牌优势与较高的学术质量，涉及的医学学科自成体系，各期刊既紧密联系又相互独立，已经成为基于传统出版的学术文献交流平台，是我国医学工作者获取分享学术信息的重要途径。中华医学会系列期刊是中文医学期刊出版领域最具有代表性的专业刊物，现有115种期刊，分属不同细分专业领域，覆盖面广，被列为代表国家 学术研究最高水平期刊群。
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